1、水质不同：天然水又称为山泉水，取自污染较少的地表水或地下水；矿泉水从地下深处自然涌动或经过人工揭露未受污染的地下矿水。2、矿物质含量不同：天然水含有一定量的矿物质，呈天然弱碱性；矿泉水含有一定量的矿物盐、微量元素或二氧化碳气体，含有较多的矿物质。3、效能不同：天然水包括江河、海洋、冰川等地表水以及土壤、岩石层内的地下水等天然水体，来源较多；矿泉水对人体的新陈代谢具有一定的促进作用。
天然矿泉水在我国来说是比较缺少的，市面上所销售的矿泉水大多是由自来水、地下水等水质进行处理或者人工添加矿物元素的水质。矿泉水一般应以不加热冷饮或稍加温为宜，最好不要煮沸。因为矿泉水一般含钙、镁较多，有一定的硬度。而煮沸时钙、镁易析出，也就是我们常说的水垢，这样既丢失了钙、镁，还造成了感官上的不适，所以矿泉水的最佳饮用方法是常温下直接饮用。
